1937年8月15日开始，日军飞机对南京实施了近4个月的持续轰炸。作为中国第一所女子大学金陵女子大学的校长，吴贻芳焦急万分，她召集校务委员会成立五人紧急委员会，决定迁校。
12月3日，南京下关码头，阴霾密布。吴贻芳站在英商怡和公司轮船甲板上，手中紧攥校章，回望身后战火中的金陵女大校园，眼中满含悲愤。跟随她一起撤离的是13名教职员工和25名学生。
西迁之路充满艰险。到达武昌不久，吴贻芳她敏锐察觉到，原定的办学城市武昌早晚会成为日军的重要攻击目标。她当机立断，于1938年1月带领师生再次西迁。
5月，除留守南京人员外，金陵女大全体师生和部分教学设备终于迁到成都华西坝。在这里，金陵女大与华西大学、金陵大学、齐鲁大学、燕京大学组成“五大学”联合办学。没有教室，她四处奔走借用华西大学的教室；设备不足，她带领师生克服困难坚持上课。在成都期间，吴贻芳始终坚持“厚生”校训。她要求学生“艰苦建校，抗日救国”，提倡“努力读书，后援抗日”。
1946年4月，抗战胜利后，吴贻芳又组织师生从华西坝返回南京复校。陆路分6批坐卡车到宝鸡，再坐火车经徐州到南京；水路则从重庆沿长江东下。每批都有教师领队，沿途虽备尝辛苦，却没有发生意外。9月，金陵女大在南京校址正式复课，在南京各大专院校中最先恢复了正常的教学秩序。据人民政协网